Tra le varie interpretazioni sull' origine del toponimo prevale la tesi che derivi dal greco "Kalè - Polis" città bella.
Edificata su di uno scoglio l'antica Anxa, così si chiamava Gallipoli al tempo dei Messapi, era unita alla terraferma da un istmo su cui passava l'unica strada d'accesso. Successivamente l'istmo fu tagliato nel 1484 dai Veneziani per garantire una maggiore difesa alla città racchiusa all' interno dell' isola e circondata da robuste mura e da un castello che sorvegliava l'entrata di navi nemiche nel porto. L'unico ingresso nella città era attraverso la porta terra, abbattuta poi nel XIX secolo.
Diverse leggende raccontano la nascita di questa città. La più ricorrente è quella legata ad Idomeneo re di Creta, che infatti affrontava le battaglie avendo come simbolo sul proprio scudo un gallo che alludeva alla sua discendenza da Phasifae, figlia del sole, a cui l'uccello era consacrato. Lo stemma di Gallipoli rappresenta appunto un gallo coronato con la scritta in un cartiglio "fideliter excubat"ossia vigilo fedelmente. Tale scritta si riferisce ad un altro episodio della storia della cittadina ionica cioè la fiera resistenza ai veneziani nel 1484. Alquanto originale invece ci sembra, il nome "Eghieianza" che sta a significare padella, termine ancora diffuso nel gergo popolare con riferimento alla sua "forma urbis " .
Durante periodo romano dopo quello messapico, Gallipoli fu da prima "statio militaris" poi "municipium", fino ad arrivare ad essere un importante porto per il commercio dell'olio di oliva che più che per usi alimentari serviva ad illuminare le grandi città del nord Europa, tanto che diversi paesi avevano il consolato in questa città.
Ricordiamo che il famoso sapone di Marsiglia nacque proprio qui dal sotto-prodotto della lavorazione delle olive la cosiddetta "murga" termine dialettale con cui si indicava lo scarto della lavorazione olearia, che con l'aggiunta della sola soda diveniva un potente sapone.
Vogliamo ricordare che l'associazione "Gallipoli Nostra" cura con amore l'apertura tutto l'anno dei due frantoi ipogei recuperati dalla Provincia di Lecce e dalla Camera di Commercio di Lecce, offrendo visite guidate all'interno di questi gioielli di architettura preindustriale. I frantoi si trovano sotto due bei palazzi d'epoca: palazzo D'Acugna-Granafei e palazzo Briganti.
Gallipoli durante l'impero d'oriente sino alla conquista normanna da parte di Roberto il Guiscardo nel 1071 fu un caposaldo marittimo importante nel mediterraneo.
Gallipoli, nel 551, divenne sede vescovile. La leggenda legata a S. Pancrazio discepolo di S. Pietro primo vescovo della città riporterebbe molto più indietro nei secoli l'affermazione della cattedra vescovile alla città di Gallipoli. Però già sul finire del VIII secolo la città abbandonava il rito latino per quello greco. Testimonianza di questo intenso periodo cenobitico è la chiesa di S. Mauro che sorge su di una collina fuori dalla città (vedi Sannicola LE).
L'assetto urbanistico che contraddistingue il borgo antico di Gallipoli si delinea a partire dal 951 durante la dominazione saracena durata per circa un trentennio. Durante il periodo normanno fu potenziato il porto che fu spostato nel seno del Canneto, fu rafforzata la cinta muraria e probabilmente iniziarono i primi lavori del futuro castello.
Dopo i normanni ci furono gli svevi ai quali Gallipoli rimase fedele fino alle estreme conseguenze, infatti fu rasa al suolo da Carlo d`Angiò nel 1269. In questo periodo fu rafforzato il torrione poligonale a muratura scarpata .
Ma per Gallipoli la vera fase di espansione economica inizia con il dominio aragonese in special modo dal 1480 in poi quando, ad opera dei turchi, rimangono inagibili i porti di Brindisi ed Otranto. Nel periodo aragonese si progetta il nuovo porto ed inoltre viene affrontato il problema della difesa dalle incursioni nemiche; infatti sia nel 1483 che nel 1528 viene elevata la cinta muraria con ben dodici bastioni nelle mura.
Tra il 1491 ed il 1492 l'aragonese Carlo d'Angiò porterà l'architetto militare Francesco di Giorgio Martini per fare dei sopralluoghi alla cinta muraria. Il progetto del nuovo castello dopo una interruzione terminò nel 1534 grazie a l'altro grande architetto militare Gian Giacomo Acaya che ultimò i torrioni angolari, il fossato ed il rivellino.
Dopo la vittoria di Lepanto (1571) comincia un era di grande prosperità per Gallipoli.
Tra il 1601 e il 1607 fu costruito il ponte in pietra a dodici archi che ancora oggi unisce la parte antica della città alla terraferma.