Secondo la leggenda già prima della guerra di Troia esisteva la mitica città di Sybar, città messapica. Del periodo messapico rimane di una necropoli vicino ed intorno a porta Napoli. Inoltre nel giardino di palazzo Palmieri, posto sulla omonima strada, vi è un ipogeo sepolcrale della fine del IV secolo a.C. costituito da un corridoio (dromos), da un atrio e da tre celle di deposizione ognuna provvista d’ingresso. L’ipogeo inoltre contiene sculture e decorazioni floreali e zoomorfe. Sempre secondo la leggenda, in questa mitica città viveva il re dei Salentini Malennio che aveva un figlio di nome Daunio ed una figlia Euippa andata in sposa ad Idomeneo re di Creta. Questi di ritorno dalla guerra di Troia, dopo una serie di vicissitudini, approdò nel Salento.

Dopo la conquista romana nel III secolo a.C., Lecce latinizzò il suo nome in Lupiae e nel primo secolo d.C. passò da “statio militum” a “municipium” (con assegnazione alla tribù dei Camilia) retto da “quattuorviri”. Successivamente ottenne la promozione a “colonia” guidata da “duumviri”, ma di essi non conosciamo il nome dei capofamiglia. Traiano inserisce Lupiae nell’ultimo tratto della via Appia che conduce da Brindisi ad Otranto, nuovo porto di collegamento con l’oriente. La nuova città fiorì nel II secolo d.C., durante l’impero di Adriano(117-138) e venne arricchita di un teatro ed un anfiteatro, in parte ancora visibili, e fu collegata al porto Adriano (oggi S. Cataldo). A l’imperatore Marco Aurelio Antonino (161-180) di origini salentine, egli infatti si riteneva discendente di Malennio, si deve il benessere economico e l’ampliamento della città.

Lecce venne conquistata e saccheggiata da Totila nell’anno 549 e, dopo una breve parentesi sotto i greci, passò sotto il dominio dell’impero romano d’oriente per altri cinque secoli. Questo fu un periodo buio per la città a causa della scarsa importanza che i bizantini davano al porto di Otranto.

Con la conquista Normanna, Lecce rinacque come centro commerciale ed estese il suo territorio sino a divenire capoluogo dell’omonima contea per quattro secoli. A partire da Goffredo d’Altavilla (1053),i conti normanni vi tennero una corte, insediarono i monaci dell’ordine dei benedettini, i quali fondarono scuole di letteratura, di filosofia, di diritto che gli ordini monastici ( i gesuiti), insediatosi successivamente avranno come modello.
Roberto il Guiscardo è considerato il fondatore della contea di Lecce. Particolarmente importante è il monastero di S. Giovanni Evangelista, fondato nel 1133 dal conte Accardo e dalla sorella abbadessa Agnese. Significativa la figura di Tancredi (1140-1194), figlio naturale del duca Ruggero di Puglia e perciò nipote del re Ruggero II; che, nel 1166, fu riconosciuto conte di Lecce dal re Guglielmo II. Lo stesso Tancredi, divenuto poi re di Sicilia dal 1169 al 1194, fondò il monastero benedettino dei SS. Niccolò e Cataldo con l’attigua chiesa ed inoltre fece ricostruire le mura della città. Federico II incamerò la città nel demanio regio che poi lasciò al figlio Manfredi.
Passata sotto la dominazione degli angioini, la contea divenne feudo dei Brienne (da ricordare Gualtiero VI di Brienne conte di Lecce, duca di Atene e, come voleva sentirsi chiamare, despota della signoria di Firenze).
Lecce, nel 1356, passò ai d’Enghien venendo così ad essere coinvolta, come del resto l’intero territorio meridionale, nella lotta tra angioini e durazzeschi. Ricordiamo la figura di Maria d’Enghien, contessa di Lecce, andata in sposa una prima volta a Raimondo Orsini Del Balzo già conte di Soleto e Galatina che dopo aver conquistato il principato di Taranto, unì con il matrimonio un territorio vastissimo che comprendeva l’attuale salento ed il territorio della provincia di Matera che era un regno nel regno. Morto il primo marito, Maria d’Enghien sposò in seconde nozze Ladislao di Durazzo divenendo così regina del regno di Napoli. Tornata a Lecce nel 1417,dopo essere rimasta vedova per la seconda volta, fece grandi cose per la città fino alla sua morte (1446). Di lei rimangono gli “Statuta et capitula florentissimae civitatis Litii” indice di una saggia e severa amministrazione civile e giudiziaria della città, mentre del primo marito ricordiamo il “Concistorium principis” tribunale di giustizia. Inoltre con Maria d’Enghien si ristabiliscono i rapporti con la repubblica veneta da cui si importavano tessuti, vetri ed utensileria in cambio di frumento, olio e vino. Per questo motivo viene restaurato il porto di S. Cataldo dove i commercianti veneti possono disporre di uno scalo franco utilizzato ,in seguito, anche da mercanti genovesi, ebrei, fiorentini, greci, albanesi portando nuovo benessere alla città di Lecce. Il figlio di Raimondo e Maria, G. A. Orsini Del Balzo proseguì l’opera sulle orme dei genitori creando una ricca corte piena di artisti ed abbellendo la città di opere d’arte . La sua dimora abituale era la torre del Parco perché quella di Belloluogo era divenuta poco sicura.

Nel 1463 alla morte di Giovanni Antonio Orsini Del Balzo, Ferrante d’Aragona probabile mandante della sua uccisione, incamera tutto raccogliendo l’eredità di vasti possedimenti, ed altre favolose ricchezze. Termina, così, la contea ed il “Concistorium” si trasforma in “Sacro Regio Provinciale Consiglio Otrantino” con giurisdizione non soltanto sulla provincia leccese, ma su tutto il resto della Puglia e dell’attuale provincia di Matera (distretto di Lecce fino al 1663).
A capo della città demaniale rimane il figlio di Ferrante, Federico, residente in città dal 1463 al 1487.

A partire dal XV secolo, sotto la dominazione aragonese, la città acquistò sempre più importanza fino a divenire, dopo la capitale Napoli, la città più ricca di fermenti culturali, ed il centro elegante con il suo fastoso barocco. Lecce divenne anche importante centro commerciale essendo capoluogo di terra d’Otranto ( l’attuale regione salentina con i suoi quattro distretti Lecce, Taranto, Brindisi, Gallipoli).
L’imperatore Carlo V considera la città il baluardo più avanzato contro l’oriente e per questo si fa promotore di un sistema difensivo con la costruzione di una nuova cinta muraria del castello a partire dal 1539, prestando, altresì, attenzione anche al resto del territorio con la costruzione di torri costiere e masserie fortificate affidando l’incarico all’architetto militare Gian Giacomo dell’Acaya.
Il rinnovamento culturale viene promosso anche dagli ordini religiosi dopo la vittoria di Lepanto 1571 l’attuale Nafpaktos sulla costa settentrionale del golfo di Corinto. Questi ordini si installarono in città per mettere in pratica il programma voluto dal concilio di Trento (1545-1563). In città giunsero i gesuiti nel 1574 ed i teatini nel 1586, istituendo insieme a tutti gli altri ordini religiosi chiese, monasteri, ospedali, monti di pietà, scuole, collegi. In questo periodo sorgono le chiese di S. Croce (1549), del Gesù (1575), di S. Irene (1591).

Nel secolo XVIII Lecce con le sue scuole di diritto e matematica partecipò concretamente alla cultura illuministica del periodo. Nel 1734,l’anno della restaurazione borbonica, si apportano modifiche alla struttura amministrativa, si limitano i privilegi e le immunità al clero e nel caso più eclatante si espellono dal regno i gesuiti (1767) requisendo i loro ricchi patrimoni. A risollevare le sorti della chiesa, però, ci pensa il vescovo Alfonso Sozy Carafa che, rimando in carica per oltre trent’anni (1751-1783), arricchisce la cattedrale con opere pittoriche eseguite dal leccese Oronzo Tiso, il coro in noce intarsiato, il nuovo battistero, il pulpito in legno e varie balaustre marmoree in corrispondenza di alcuni altari.
Nel 1799, durante una rivolta contro i borboni, fu piantato per poche ore “l’albero della libertà”, subito dopo sradicato per far posto alla statua di S. Oronzo.
Qualche anno dopo, nel 1806, Giuseppe Bonaparte conquista il Regno delle Due Sicilie, attuando una serie di riforme sopprimendo gli ordini religiosi mentre numerosi conventi sono destinati a pubblici uffici: l’ex convento dei celestini è destinato all’intendenza (oggi è la sede dell’amministrazione provinciale con la prefettura) e nell’ ex collegio dei padri gesuiti s’installano gli uffici giudiziari (tribunale, corte d’appello e corte criminale), il convento dei teatini diviene proprietà comunale ospitando per qualche anno la sede municipale.

Nel 1821, Lecce partecipò ai moti carbonari e mandò un esercito di resistenza contro le truppe austriache e l’anno successivo festeggia Ferdinando I re delle Due Sicilie e viene eretto l’obelisco sul quale sono scolpiti i simboli dei quattro circondari di terra d’Otranto. Nel 1848 si formò un governo provvisorio e si costituì il partito liberale. Comunque l’unità d’Italia scopre una scarsa partecipazione popolare al movimento unitario e alle sue soluzioni politiche.
Si afferma definitivamente l’arte della carta pesta che ottiene prestigio e notorietà fuori anche dai confini regionali. Alla fine del XIX secolo e durante il primo ventennio del XX secolo vengono coltivati i tabacchi levantini che danno nuova spinta all’economia prettamente agricola. Dopo l’unità d’Italia Lecce ebbe un forte sviluppo nel ventennio 1895-1915, con la realizzazione di numerose opere pubbliche e la prima espansione fuori dalle mura.
Nel 1927 furono create le province di Taranto e Brindisi che furono staccate dal territorio del capoluogo Lecce.